CP-409092 hydrochloride ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งที่แรงและเลือกสรรต่อเอนไซม์ glycogen synthase kinase-3 (GSK-3) สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาบทบาทของ GSK-3 ในกระบวนการเซลล์ต่างๆ รวมถึงการส่งสัญญาณในเซลล์ การเผาผลาญ และการทำงานของเซลล์ประสาท นักวิจัยใช้สารนี้เพื่อตรวจสอบผลกระทบทาง درمانیที่เป็นไปได้ในโรคที่ GSK-3 มีส่วนเกี่ยวข้อง เช่น โรคอัลไซเมอร์ เบาหวาน และโรคทางอารมณ์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นเครื่องมือในการค้นพบยาเพื่อพัฒนาการรักษาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่เส้นทาง GSK-3 การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาในหลอดทดลองและในร่างกายเพื่อทำความเข้าใจกลไกการออกฤทธิ์และประเมินประสิทธิภาพในแบบจำลองก่อนคลินิก