ไกลโคเปปไทเดสเอ (Glycopeptidase A) ใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีสำหรับการตัดเฉพาะเจาะจงของไกลโคโปรตีน ช่วยในการศึกษาโปรตีนไกลโคซิเลชันโดยการกำจัดส่วนคาร์โบไฮเดรตเฉพาะ ทำให้ผู้วิจัยสามารถวิเคราะห์โครงสร้างและหน้าที่ของไกลโคโปรตีนได้ เอนไซม์นี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในโปรตีโอมิกส์และไกลโคไบโอโลจี โดยช่วยในการทำแผนที่ตำแหน่งไกลโคซิเลชันและเข้าใจบทบาทของไกลแคนในกระบวนการเซลล์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมโปรตีนที่ถูกกำจัดไกลโคซิออกสำหรับการศึกษาทางภูมิคุ้มกัน เนื่องจากสามารถเพิ่มการตรวจจับแอนติเจนโดยการเปิดเผย epitope ที่ซ่อนอยู่ ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาการวิจัยโรคที่เกี่ยวข้องกับไกลโคโปรตีนและการพัฒนายารักษา