เพคตินเอสเทอเรสจากเปลือกส้มถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อปรับเปลี่ยนเพคตินในน้ำผลไม้และผลิตภัณฑ์อื่นๆ ช่วยลดความขุ่นโดยการสลายเพคติน ทำให้ได้น้ำผลไม้ที่ใสขึ้น เอนไซม์นี้ยังถูกใช้ในการผลิตเพคตินโลว์-เมทอกซิล ซึ่งจำเป็นสำหรับการทำเยลลีและแยมที่มีปริมาณน้ำตาลลดลง นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการปรับปรุงเนื้อสัมผัสและความเสถียรของผลไม้และผักแปรรูป ในอุตสาหกรรมเครื่องดื่ม ช่วยเพิ่มการปล่อยรสชาติและความรู้สึกในปาก การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการสกัดน้ำมันหอมระเหยจากเปลือกผลไม้ตระกูลส้ม ปรับปรุงผลผลิตและคุณภาพ