คอนดรอยตินซัลเฟตใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาโรคข้ออักเสบเสื่อม โดยช่วยลดอาการปวดและปรับปรุงการทำงานของข้อต่อด้วยการส่งเสริมการซ่อมแซมกระดูกอ่อนและยับยั้งเอนไซม์ที่ย่อยสลายกระดูกอ่อน มักใช้เป็นอาหารเสริมทางโภชนาการ โดยใช้เดี่ยวหรือร่วมกับกลูโคซามีน เพื่อสนับสนุนสุขภาพข้อต่อและชะลอการเสื่อมของข้อต่อ นอกจากนี้ ยังใช้ในยาหยอดตาเพื่อรักษาอาการตาแห้ง โดยให้ความชุ่มชื้นและลดการอักเสบ ในเครื่องสำอาง คอนดรอยตินซัลเฟตถูกนำเข้าไปในผลิตภัณฑ์ดูแลผิวเพื่อคุณสมบัติให้ความชุ่มชื้นและต้านริ้วรอย ช่วยรักษาความยืดหยุ่นและความชุ่มชื้นของผิว นอกจากนี้ยังใช้ในสูตรการรักษาแผลเพื่อเสริมการสร้างเนื้อเยื่อใหม่และลดการอักเสบ