เฮปารันซัลเฟตถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวการแพทย์และการประยุกต์ใช้ทาง درمانی เนื่องจากมีบทบาทในการควบคุมกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ มักใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณของเซลล์ เนื่องจากมีการโต้ตอบกับปัจจัยการเจริญเติบโต ไซโตไคน์ และโปรตีนเมทริกซ์นอกเซลล์ ซึ่งมีอิทธิพลต่อการเพิ่มจำนวน การแยกตัว และการเคลื่อนที่ของเซลล์

ในการพัฒนายา เฮปารันซัลเฟตถูกสำรวจเพื่อความสามารถในการเพิ่มประสิทธิภาพการส่งยาทางการรักษา โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายเนื้อเยื่อหรือเซลล์เฉพาะ นอกจากนี้ยังมีการวิจัยศักยภาพในการรักษาแผลและการฟื้นฟูเนื้อเยื่อ เนื่องจากมีส่วนร่วมในการปรับโครงสร้างเมทริกซ์นอกเซลล์

เพิ่มเติม เฮปารันซัลเฟตถูกศึกษาในบริบทของการติดเชื้อไวรัส เนื่องจากทำหน้าที่เป็นโครีเซปเตอร์สำหรับไวรัสหลายชนิด ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกในการกลยุทธ์ต้านไวรัส คุณสมบัติต้านการอักเสบและยับยั้งการแข็งตัวของเลือดทำให้เป็นผู้สมัครในการรักษาโรคเช่นภาวะลิ่มเลือดอุดตันและโรคอักเสบ