S1P receptor agonists ถูกใช้หลักในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง โดยเฉพาะโรคปลอกประสาทเสื่อมแข็ง (multiple sclerosis) โดยการปรับการทำงานของตัวรับ S1P สารประกอบเหล่านี้ช่วยลดการเคลื่อนย้ายของเซลล์ลิมโฟไซต์จากต่อมน้ำเหลืองเข้าสู่กระแสเลือด ส่งผลให้ลดการอักเสบและการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันที่ผิดปกติ กลไกนี้มีความสำคัญในการจัดการรูปแบบที่กำเริบของโรคปลอกประสาทเสื่อมแข็ง เนื่องจากช่วยป้องกันไม่ให้ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ S1P receptor agonists ยังถูกสำรวจสำหรับศักยภาพในการรักษาโรคภูมิต้านตนเองอื่นๆ เช่น โรคครอน (Crohn's disease) และลำไส้ใหญ่ inflamed (ulcerative colitis) เนื่องจากความสามารถในการควบคุมการเคลื่อนไหวของเซลล์ภูมิคุ้มกันและลดการอักเสบ การนำไปใช้ในการปลูกถ่ายอวัยวะก็อยู่ในการวิจัย เนื่องจากอาจช่วยป้องกันการปฏิเสธอวัยวะโดยการยับยั้งกิจกรรมของระบบภูมิคุ้มกัน