ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา เช่น ใช้พัฒนายาที่มีเป้าหมายเกี่ยวกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ สารอนุพันธ์ของอินดาโซลมักแสดงฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านมะเร็ง หรือยับยั้งการทำงานของโปรตีนคินาส ทำให้สารนี้มีศักยภาพในการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมยาและการพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างไลบรารีของสารเคมีสำหรับการคัดกรองทางชีวภาพ