ใช้หลัก ๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการคู่ข้ามซูซูกิ-มิยาอูระเพื่อสร้างระบบไบอาริล โครงสร้างแกนอินดาโซลพบได้บ่อยในโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายับยั้ง kinase และยารักษามะเร็ง กลุ่มบอโรเนตเอสเตอร์ช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยน ซึ่งเป็นประโยชน์ในการปรับแต่งฟังก์ชันระยะหลังของยาที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยาโมเลกุลเล็กที่กำหนดเป้าหมายโรคอักเสบและโรคระบบประสาท