ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันสนับสนุนการสร้างตัวยับยั้ง kinase ซึ่งสำคัญในการศึกษามะเร็งและโรคอักเสบ กลุ่มกรดคาร์บอกซิลิกช่วยให้เกิดการดัดแปลงโครงสร้าง (derivatization) ได้ง่าย ส่งผลให้สามารถสร้างแอมไดด์และเอสเตอร์ที่ใช้ในเคมียาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพยาและเภสัชจลนศาสตร์ (pharmacokinetics) นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาอนาล็อกสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายตัวรับในระบบประสาทส่วนกลางและเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณ (signal transduction) เนื่องจากโครงสร้างกรอบเมทอกซี-อินดาโซล มันมีความเกี่ยวข้องในการออกแบบสารประกอบที่มีศักยภาพในการคงตัวทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ (bioavailability) ที่เพิ่มขึ้น