ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มที่มีเป้าหมายเกี่ยวข้องกับเอนไซม์หรือตัวรับในร่างกาย เช่น ใช้พัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง หรือสารที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ พบว่าสารอนุพันธ์ของอินดาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของฟอสโฟไรเลตเชิงเฉพาะ เช่น PDE5 หรือ kinases บางชนิด ซึ่งเกี่ยวข้องกับโรคเรื้อรังหลายชนิด จึงนิยมใช้สารนี้ในขั้นตอนการคัดเลือกและปรับโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของโมเลกุลในช่วงพัฒนายาก่อนเข้าสู่การทดลองในสัตว์