ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะในการเตรียมโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและตัวยับยั้ง kinase โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งหน้าที่ได้ที่หลายตำแหน่ง ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างสารประกอบ 기반อินดาโซลที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง ต้านการอักเสบ หรือต้านไวรัส ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิง เช่น Suzuki หรือ Heck เพื่อนำเข้ากลุ่มอะรีลหรือไวนิล นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารวิจัยที่เล็งเป้าไปยังตัวรับทางระบบประสาท เนื่องจากแกนอินดาโซลมีความสัมพันธ์กับเป้าหมายในระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และมีศักยภาพในการพัฒนายารักษาโรคทางระบบประสาท เช่น โรควิตกกังวล ซึมเศร้า หรือโรคลมชัก