ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาที่มีเป้าหมายไปที่เอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในร่างกาย พบว่าสารอนุพันธ์ของอินดาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของโปรตีนบางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ มะเร็ง และโรคระบบประสาท จึงนิยมใช้สารนี้ในการคัดกรองและออกแบบโมเลกุลใหม่ในห้องปฏิบัติการ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยพื้นฐานเพื่อศึกษาชีวกลศาสตร์ของเซลล์และการส่งสัญญาณภายใน