6-ฟลูออโรควินาโซลีนเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ สารนี้ถูกใช้เป็นโครงสร้างหลักในการพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ยับยั้งตัวรับ tyrosine kinase ซึ่งมีบทบาทในการควบคุมการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสร้างสารที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ และยาในกลุ่ม antipsychotic สำหรับรักษาโรคทางจิตเวช เนื่องจากโครงสร้างของ 6-ฟลูออโรควินาโซลีนสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ ที่ต้องการความจำเพาะและประสิทธิภาพสูง