Furan-3-ylmethanamine ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาท มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารกระตุ้นตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งจำเป็นสำหรับการรักษาโรคเช่นไมเกรนและความวิตกกังวล นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัยในเคมียารักษาโรค โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งถูกสำรวจอย่างกว้างขวางสำหรับการประยุกต์ใช้ทาง درمانی