ใช้ฮีซากอนนาโซลเป็นสารกำจัดเชื้อราในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราในพืช เช่น โรคใบไหม้ โรคขอบใบแห้ง และโรคโคนเน่าในพืชหลากหลายชนิด เช่น ข้าว ถั่วเหลือง มันสำปะหลัง และพืชไร่ชนิดอื่นๆ ออกฤทธิ์โดยยับยั้งการสร้างเออร์โกสเตอรอล ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของผนังเซลล์เชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถเจริญเติบโตได้ นิยมใช้ในรูปของสารละลายหรือผงฝุ่นพ่นทางใบ หรือใช้เคลือบเมล็ดพันธุ์เพื่อป้องกันการติดเชื้อในระยะเริ่มต้นของการงอก ช่วยเพิ่มผลผลิตและลดความเสียหายจากโรคพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ