Saperconazole ถูกใช้เป็นยาต้านเชื้อราในทางการแพทย์มนุษย์และสัตวแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาการติดเชื้อราที่รุนแรงและลุกลาม เช่น การติดเชื้อราที่ระบบประสาทส่วนกลาง การติดเชื้อราที่ผิวหนังและเล็บ รวมถึงการติดเชื้อราที่อวัยวะภายใน เช่น ปอดและตับ ยานี้มีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราหลายชนิด โดยเฉพาะเชื้อราที่ดื้อต่อยาชนิดอื่น Saperconazole มักใช้ในกรณีที่การรักษาด้วยยาต้านเชื้อราอื่น ๆ ไม่ได้ผล หรือในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์หรือผู้ที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรงได้