ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบฟลูออรีนสำหรับยา โดยเฉพาะยาต้านเชื้อรา เช่น สารต้านเชื้อราในระบบ (systemic antifungals) ซึ่งโครงสร้าง difluoroacetamide ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในร่างกาย พบการใช้งานทั่วไปในการผลิตยาชนิด conazole-class ที่ช่วยปรับปรุง lipophilicity และความสามารถในการจับกับเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับพัฒนาสารกำจัดเชื้อราเพื่อการป้องกันพืช ในอุตสาหกรรมการผลิตสารกำจัดศัตรูพืช โดยเฉพาะสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากมีโครงสร้างที่ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราในพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ นิยมนำไปเป็นสารตั้งต้นหรือสารออกฤทธิ์ในสูตรผสมของผลิตภัณฑ์เกษตรกรรม ช่วยป้องกันโรคพืชที่เกิดจากเชื้อราในระยะต้นและยับยั้งการแพร่กระจายของเชื้อได้ดี สามารถใช้ได้กับพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าว ข้าวโพด และพืชผักบางชนิด โดยมีประสิทธิภาพแม้ในอัตราการใช้ต่ำ ความตอบสนองทางเคมีของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน ทำให้มีคุณค่าในเคมียาและกระบวนการพัฒนายา