BnO-PEG5-Boc ใช้ในสังเคราะห์อินทรีย์และการพัฒนายาในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับอะมีนและกลุ่มไฮดรอกซิล ทำให้เกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะในโมเลกุลที่ซับซ้อน มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งช่วยควบคุมการประกอบกรดอะมิโนโดยไม่เกิดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ ตัวคั่น PEG (polyethylene glycol) ช่วยเพิ่มความละลายในตัวทำละลายน้ำและอินทรีย์ สนับสนุนการทำให้บริสุทธิ์และการจัดการ กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันชั่วคราวสำหรับอะมีน ซึ่งสามารถถอดออกภายใต้สภาวะกรดอ่อน สารประกอบนี้ยังใช้ในเคมีชีวภาพคอนจูเกชัน เชื่อมโยงชีวโมเลกุลหรือยาเข้ากับตัวนำสำหรับระบบส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย ความหลากหลายทำให้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ โพลิเมอร์ และวัสดุขั้นสูง