สารอิซอซ่าฟลูทโทลใช้เป็นสารกำจัดวัชพืชในเกษตรกรรม โดยเฉพาะในพื้นที่เพาะปลูกข้าวโพด มันช่วยควบคุมวัชพืชใบแคบและใบกว้างหลายชนิดในช่วงต้นฤดู โดยทำงานผ่านการยับยั้งเอนไซม์ HPPD (4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase) ซึ่งจำเป็นต่อการสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ในพืช ทำให้วัชพืชที่สัมผัสสารนี้จะค่อยๆ เหี่ยวและตายไป มักใช้ในรูปของสารละลายผสมกับสารกำจัดวัพืชชนิดอื่น เช่น อะทราซีน หรือเมตโคลคลอร์ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมวัชพืชหลากหลายชนิดในแปลงเพาะปลูก สามารถใช้ได้ทั้งก่อนและหลังการงอกของข้าวโพด ขึ้นอยู่กับรูปแบบการใช้งานและคำแนะนำของผู้ผลิต เนื่องจากมีฤทธิ์ยาวนานในดิน จึงต้องพิจารณาพืชหมุนเวียนอย่างระมัดระวังหลังการใช้ เพื่อป้องกันผลกระทบต่อพืชรุ่นถัดไป