สารอิซอซ่าฟลูทโทลเป็นสารกำจัดวัชพืชที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการปลูกข้าวโพด มันออกฤทธิการทำงานโดยการยับยั้งเอนไซม์ HPPD (4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase) ซึ่งจำเป็นต่อการสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ในพืช ทำให้วัชพืชไม่สามารถสร้างสีเขียวได้และตายลงในที่สุด การประยุกต์ใช้หลักคือการควบคุมวัชพืชใบกว้างและวัชพืชบางชนิดที่มีลำต้นตั้งตรง โดยเฉพาะในช่วงก่อนการงอกของพืชหลัก จึงช่วยลดการแข่งขันจากวัชพืชในระยะเริ่มต้นของการเจริญเติบโตของพืชเศรษฐกิจ เนื่องจากมีฤทธิ์ต่อวัชพืชหลากหลายชนิด และมีประสิทธิภาพในอัตราการใช้ต่ำ ทำให้สารนี้เป็นที่นิยมในระบบการเพาะปลูกที่ต้องการความสะดวกและประหยัดเวลา โดยมักใช้ร่วมกับสารกำจัดวัชพืชชนิดอื่นเพื่อเพิ่มช่วงการควบคุมวัชพืชและป้องกันการดื้อยา อย่างไรก็ตาม ต้องระมัดระวังเรื่องการชะล้างของสารในดิน เนื่องจากอาจมีผลกระทบต่อพืชชนิดอื่นที่ปลูกในรอบต่อไปหากไม่มีการจัดการที่เหมาะสม