สารฟลูซิลาโซลเป็นสารฆ่าเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคเชื้อราที่เกิดจากเชื้อในกลุ่มแอสโคไมเซตส์และบาซิเดียวไมเซตส์ เช่น โรคใบไหม้ โรคสนิม และโรคเหี่ยวในพืชต่าง ๆ นิยมใช้กับพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ผลไม้ ผัก และพืชไร่ โดยสามารถซึมเข้าสู่พืชได้ดีและออกฤทธิ์ได้ทั้งแบบป้องกันและรักษา ฟลูซิลาโซลมีประสิทธิภาพในการควบคุมเชื้อราที่ต้านทานสารฆ่าเชื้อราในกลุ่มอื่น จึงมักถูกใช้ในโปรแกรมการจัดการการดื้อยา นอกจากนี้ยังมีฤทธิ์ยับยั้งการสร้างเยื่อหุ้มเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถดำรงชีวิตได้ ในบางกรณี ฟลูซิลาโซลยังใช้ในการรักษาโรคเชื้อราในพืชผลหลังการเก็บเกี่ยว เพื่อยืดอายุการเก็บรักษา โดยเฉพาะในผลไม้ที่ต้องส่งออก ซึ่งต้องการคุณภาพผิวผลที่สมบูรณ์