ฟูมาจิลลิน ถูกใช้เป็นสารต้านเชื้อจุลินทรีย์ โดยเฉพาะในการควบคุมโรคโนซีเดมิโอซิส (Nosemosis) ซึ่งเป็นโรคที่เกิดจากปรสิตชนิดหนึ่งในลำไส้ของผึ้ง ทำให้ผึ้งอ่อนแรง ลดประสิทธิภาพในการเก็บน้ำหวาน และอาจนำไปสู่การตายของรังผึ้งได้ ฟูมาจิลลินจึงนิยมใช้ในภาคการเลี้ยงผึ้งเพื่อป้องกันและรักษาโรคดังกล่าว นอกจากนี้ ฟูมาจิลลินยังมีการศึกษาในด้านการแพทย์ว่าสามารถยับยั้งการสร้างหลอดเลือดใหม่ (anti-angiogenesis) ซึ่งมีศักยภาพในการใช้รักษาโรคมะเร็ง เนื่องจากสามารถจำกัดการเจริญเติบโตของเนื้องอกโดยการตัดเลือดเลี้ยงที่ไปยังก้อนมะเร็ง อย่างไรก็ตาม การใช้ในมนุษย์ยังมีข้อจำกัดเนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงต่อระบบทางเดินอาหารและระบบประสาท