ใช้สารคลอโรทาโลนิลเป็นสารฆ่าเชื้อราในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมโรคเชื้อราต่าง ๆ ที่เกิดกับพืชผัก ผลไม้ และพืชไร่ เช่น โรคใบไหม้ โรคเน่า หรือโรคข้าวหลามตัด มักนิยมใช้พ่นบนพืชเพื่อป้องกันการติดเชื้อและยับยั้งการแพร่กระจายของเชื้อราในระยะเริ่มต้น นิยมใช้ในพืชเศรษฐกิจ เช่น มันฝรั่ง มะเขือเทศ ข้าว ถั่ว และพืชผักชนิดอื่น ๆ ที่มีความเสี่ยงต่อโรคเชื้อราสูง ควรใช้ตามอัตราที่กำหนดและเว้นช่วงก่อนเก็บเกี่ยวเพื่อความปลอดภัยต่อผู้บริโภค