ใช้สารคลอโรทาโลนิลเป็นสารฆ่าเชื้อราในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคเชื้อราที่เกิดกับพืชผัก ผลไม้ และพืชไร่ เช่น โรคใบไหม้ โรคเน่า หรือโรคขอบใบ ช่วยป้องกันไม่ให้เชื้อราเจริญเติบโตและแพร่กระจาย โดยมักใช้พ่นทางใบในรูปของสารละลาย นิยมใช้ในพืชเศรษฐกิจ เช่น มันฝรั่ง มะเขือเทศ ข้าว กาแฟ และพืชผักอื่น ๆ ที่มีความเสี่ยงต่อการติดเชื้อราในช่วงอากาศชื้นหรือฝนตกต่อเนื่อง ควรใช้ตามอัตราที่กำหนดและเว้นระยะเก็บเกี่ยวเพื่อความปลอดภัยต่อผู้บริโภค