เบนอมิลเป็นสารฆ่าเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตรเพื่อควบคุมโรคพืชที่เกิดจากเชื้อราหลายชนิด เช่น ราสนิม ราดำ และโรคเน่าต่าง ๆ โดยมักใช้พ่นหรือผสมกับดินเพื่อป้องกันการติดเชื้อในพืชผัก ผลไม้ และพืชไร่ นิยมใช้กับพืชเศรษฐกิจ เช่น มันฝรั่ง กล้วย ส้ม และองุ่น นอกจากนี้ยังใช้ในโรงเรือนเพื่อควบคุมเชื้อราที่เจริญในดินและติดมากับเมล็ดพันธุ์ เนื่องจากเบนอมิลมีฤทธิ์ซึมผ่านเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดี ทำให้ช่วยป้องกันเชื้อราได้ทั้งก่อนและหลังการติดเชื้อ อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ต้องระมัดระวังเรื่องการสะสมในสิ่งแวดล้อมและผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิตไม่เป้าหมาย เช่น แมลงผสมเกสร และสัตว์น้ำ