ไอโซควิโนลีนถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ รวมถึงยาลดความดันโลหิต ยาต้านมาลาเรีย และยาต้านมะเร็ง สารอนุพันธ์ของมันยังถูกนำไปใช้ในการผลิตสีย้อม สารเคมีเกษตร และสารยับยั้งการกัดกร่อน นอกจากนี้ ไอโซควิโนลีนยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย ในงานวิจัย มันถูกใช้เป็นลิแกนด์ในเคมีเชิงประสานและเป็นโปรบเรืองแสงในการศึกษาทางชีวเคมี ความหลากหลายของมันทำให้มีคุณค่าทั้งในด้านอุตสาหกรรมและวิชาการ