มาเลคไชน์กรีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเป็นสารต้านเชื้อราและต้านปรสิตเพื่อรักษาปลาและไข่ปลา โดยเฉพาะในการควบคุมการติดเชื้อราเช่นซาปโรกนีเอเชียส (saprolegniasis) และการติดเชื้อปรสิตเช่นโรคจุดขาว นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารฆ่าเชื้อสำหรับตู้เลี้ยงปลาและอุปกรณ์ ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับวัสดุเช่นผ้าไหม หนัง และกระดาษ ให้สีเขียวสดใส ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวภาพเป็นสารย้อมสำหรับการวิเคราะห์เนื้อเยื่อและเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ อย่างไรก็ตาม การใช้ถูกจำกัดหรือห้ามในหลายประเทศเนื่องจากความเสี่ยงต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม