มาเลคไชต์กรีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเป็นสารต้านเชื้อราและต้านปรสิตเพื่อรักษาการติดเชื้อในปลาและไข่ปลา มีประสิทธิภาพต่อโรคเช่น ไอคธีโอฟิไธริอัส (ichthyophthiriasis) และซาโพรเลกนีเอシส (saprolegniasis) ช่วยรักษาสุขภาพประชากรปลาให้ดี นอกจากนี้ ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นสีย้อมสำหรับผ้าไหม หนัง และกระดาษ ให้สีเขียวสดใส ในอดีต ใช้เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์เพื่อแสดงโครงสร้างแบคทีเรียและเซลล์ อย่างไรก็ตาม การใช้ถูกจำกัดในหลายประเทศเนื่องจากความกังวลเกี่ยวกับความเป็นพิษและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม