(3,4-Difluorophenyl)methanethiol ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เนื่องจากสามารถนำกลุ่ม 3,4-difluorophenyl เข้าสู่โมเลกุลได้ มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเฉพาะทางและวัสดุ เช่น ของเหลวคริสตัลและโพลิเมอร์ โดยซึ่งกลุ่ม thiol ช่วยในการเชื่อมขวางหรือการปรับแต่งโครงสร้าง โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และปฏิสัมพันธ์กับตัวรับ