3-(Trifluoromethyl)benzyl mercaptan ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ กลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพและความเสถียรที่ดีขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำเข้าหมู่ฟังก์ชันที่มีธาตุกำมะถัน ซึ่งมีความสำคัญในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางเคมีเฉพาะเจาะจง โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของสารยังทำให้มีประโยชน์ในการผลิตสารเคมีพิเศษและวัสดุ โดยที่คุณสมบัติของมันสามารถนำมาใช้เพื่อให้ได้ลักษณะการทำงานที่ต้องการ