1-คลอโร-3,3,3-ไตรฟลูออโรอะซีโตน ถูกใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร กลุ่ม trifluoromethyl ที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายทำให้มีคุณค่าต่อการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร ในงานวิจัยเภสัชกรรม ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น ยาต้านการอักเสบหรือยาต้านไวรัส ในอุตสาหกรรมสารเคมีเกษตร ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและมีโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีกว่า นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ฟลูออรีน ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความต้านทานต่อสารเคมีและความเสถียรทางความร้อน