เอทิล 4,4-ไดฟลูออโรเพนทาโนเอต ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุล ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียร ชีวเภสัชจลนศาสตร์ และกิจกรรมทางชีวภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนาในเคมียารักษาโรค ซึ่งช่วยในการสร้างยารักษาใหม่ๆ