กรดฟลูออโรมาโลนัลดีไฮด์ถูกใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มฟังก์ชันอัลดีไฮด์และกรดคาร์บอกซิลิก ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งสารประกอบเหล่านี้มักทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่างๆ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบโพลิเมอร์และสารเคลือบขั้นสูง โดยซึ่งความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันสามารถปรับปรุงคุณสมบัติของวัสดุ เช่น ความทนทานและความต้านทานต่อสารเคมี ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมี ถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยอาศัยความสามารถในการสร้างสารกลางที่เสถียรในเส้นทางสังเคราะห์