สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา (APIs) โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีทั้งกลุ่ม chloro และ difluoro ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง มักใช้ในการผลิตยาต้านการอักเสบและยาแก้ปวด โดยส่วน difluoroacetic acid ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบ นอกจากนี้ยังนำไปประยุกต์ใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตร เพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความตอบสนองทางเคมีและความสามารถในการสร้างพันธะที่มั่นคงกับโมเลกุลอื่นๆ ทำให้เป็นหน่วยย่อยที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างสารที่มีกิจกรรมทางชีวภาพซับซ้อน