ฟลูออโร(ไอโอโด)มีเทนถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น การรวมกันที่เป็นเอกลักษณ์ของอะตอมฟลูออรีนและไอโอดีนทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบฟลูออรีน ซึ่งมักถูกแสวงหาในเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตรเนื่องจากความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารเคมีพิเศษ โดยใช้ความสามารถในการทำปฏิกิริยาเพื่อการแปลงเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในงานวิจัยสำหรับศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์มีเทนที่ถูกฮาโลเจนแทนที่