ฟลูออโรอะซีโตไนไตรล์ ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ที่มีหมู่ฟลูออรีน ซึ่งมีความสำคัญในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารประกอบที่ต้องการความเสถียรและฤทธิ์ทางชีวภาพที่สูงขึ้น สารนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในขั้นตอนการเติมหมู่ฟลูออรีนเข้าสู่โครงสร้างของสารต่าง ๆ ซึ่งช่วยปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารนั้น ๆ ได้อย่างมีนัยสำคัญ