ใช้หลักๆ เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีน ซึ่งการมีอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ หมู่ไอโอดีนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Heck couplings ซึ่งช่วยในการสร้างระบบอะโรมาติกที่ซับซ้อน โครงสร้างของมันมีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการปรับปรุงสารนำในการรักษาโรคการอักเสบ โรคระบบประสาทส่วนกลาง และมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารที่มีรังสีสำหรับการถ่ายภาพทางการแพทย์ โดยใช้ไอโอดีนสำหรับการรวมไอโซโทปรังสี