Allylpentafluorobenzene ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันซึ่งประกอบด้วยทั้งกลุ่มอัลลิลและกลุ่มเพนตาฟลูออโรฟีนิล ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้มักใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck เพื่อสร้างสารกลางขั้นสูงสำหรับการพัฒนายา นอกจากนี้ วงแหวนอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของโมเลกุลที่เกิดขึ้น ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้ ในวิทยาศาสตร์วัสดุ สามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์หรือสารเคลือบที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความเสถียรทางความร้อนที่เพิ่มขึ้นหรือความต้านทานต่อสารเคมี