เพนตาฟลูออโรอะนิโซลใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีวงแหวนอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีนแทนที่ทั้งห้า ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะเจาะจง ในเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนายาที่ต้องการความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น โดยมักมีส่วนช่วยในการปรับปรุงยาตัวสมัครเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ ในเกษตรเคมี ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช โดยซึ่งอะตอมฟลูออรีนสามารถเพิ่มกิจกรรมและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ เพนตาฟลูออโรอะนิโซลยังพบการใช้งานในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติทนความร้อนและทนสารเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ บทบาทของมันในสาขาเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญในการสร้างวัสดุและสารประกอบเฉพาะทางที่มีฟังก์ชันที่ปรับแต่งได้