2,3,5,6-Tetrafluorobenzotrifluoride ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและเคมีเกษตร โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ รวมถึงของเหลวผลึกและโพลิเมอร์ โดยคุณสมบัติเฉพาะช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพและความทนทาน ในวิทยาศาสตร์วัสดุ สารนี้ทำหน้าที่เป็นชิ้นส่วนพื้นฐานสำหรับวัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทนความร้อนและทนเคมีเฉพาะ