ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรมฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนายากันเบาหวานและยาต้านไวรัส โครงสร้างอะโรมาติก trifluorinated ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ในยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ ยังใช้บ่อยในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมトリกเพื่อนำ motif กรดอะมิโนแบบ chiral เข้าสู่โมเลกุลที่ biologically active รวมถึงใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยที่อะตอมฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับ (binding affinity) และความจำเพาะ (selectivity)