4,4-Difluorocyclohexanamine hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล เนื่องจากสามารถมีอิทธิพลต่อระบบสารสื่อประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาใหม่สำหรับการจัดการความเจ็บปวดและการอักเสบ อะตอมฟลูออรีนในโครงสร้างช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสมในการออกแบบยาที่มีคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างวงแหวนที่ซับซ้อน สนับสนุนความก้าวหน้าด้านเคมียารักษาโรค