3-(Trifluoromethoxy)benzylamine ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งสารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต่างๆ เช่น ยากลุ่มต้านเศร้าและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีเพื่อการใช้งานในทางเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพสูง เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่ม trifluoromethoxy ช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของสารเป้าหมาย