ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเพอร์ฟลูออโรเฮกซิลสำหรับการใช้งานในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมบล็อกสร้างฟลูออรีนที่ใช้ในการค้นพบยา เนื่องจากกลุ่มเพอร์ฟลูอออัลคิลให้ความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ใช้ในการพัฒนาตัวแทนคอนทราสต์สำหรับการถ่ายภาพทางการแพทย์ โดยเฉพาะในสารทดแทนเลือดและตัวพาหะออกซิเจน เนื่องจากความสามารถละลายก๊าซสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการจัดทำสารเคลือบกันน้ำและกันน้ำมันสำหรับสิ่งทอและอิเล็กทรอนิกส์ และเป็นส่วนประกอบในของเหลวพิเศษสำหรับการทดสอบอิเล็กทรอนิกส์และการถ่ายเทความร้อน คุณสมบัติเฉื่อยทางเคมีและความเสถียรทางความร้อนทำให้เหมาะสำหรับใช้ในสภาพแวดล้อมสุดขั้ว