Undecafluoroiodocyclohexane ใช้หลักๆ เป็นสารกลางฟลูออรีนในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีพิเศษและวัสดุขั้นสูง โครงสร้างที่ฟลูออรีนสูงทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาเคลือบผิวที่กันน้ำและกันน้ำมัน ซึ่งใช้ทาบนพื้นผิวเพื่อไล่ถีบน้ำและน้ำมัน สารเคมีนี้ยังใช้ในการสร้างโพลิเมอร์ฟลูออรีนและสารลดแรงตึงผิว ซึ่งจำเป็นในอุตสาหกรรมที่ต้องการความต้านทานสารเคมีสูงและความเสถียรทางความร้อน เช่น อุตสาหกรรมอวกาศและอิเล็กทรอนิกส์ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร ซึ่งคุณสมบัติพิเศษช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ในการวิจัย ใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุและนาโนเทคโนโลยี