ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีน ซึ่งหมู่ไดฟลูออโรมีทีลีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยให้มี selectivity ในการจับที่ดีขึ้นในส่วนประกอบยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา ใช้บ่อยในเคมียารักษาเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรพิเศษและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ต้องการบล็อกสร้างที่มีฟลูออรีน โครงสร้างกระดูกไซโคลเฮกซานที่แข็งกับการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยควบคุมคอนฟอร์เมชันในการออกแบบโมเลกุล