ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและมีผลต่อลิโพฟิลิกของยาสุดท้าย ทำให้เพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และชีวเภสัชจลนศาสตร์ทางปากที่ดีขึ้น ใช้บ่อยในการเตรียมตัวสร้างชิราลสำหรับการค้นพบยา โดยเฉพาะในยาที่เล็งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงฟลูออรีนที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมและประสิทธิภาพสูงขึ้น