ไนล์เรดถูกใช้อย่างแพร่หลายในการศึกษาและการวิเคราะห์ทางชีววิทยาและเคมี เนื่องจากมีความสามารถในการย้อมสีและเรืองแสงเมื่อสัมผัสกับสารไขมันหรือลิพิด จึงมักใช้เป็นตัวบ่งชี้ในการตรวจสอบและวิเคราะห์ไขมันในเซลล์ ตัวอย่างเช่น ในทางชีววิทยาเซลล์ ไนล์เรดช่วยให้นักวิจัยสามารถติดตามและศึกษาการกระจายตัวและการเคลื่อนที่ของลิพิดภายในเซลล์ได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเกี่ยวกับไมเซลล์และอนุภาคนาโน เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของระบบเหล่านี้ ไนล์เรดยังมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องสำอาง ในการตรวจสอบปริมาณไขมันและน้ำมันในผลิตภัณฑ์ต่างๆ ด้วยคุณสมบัติการเรืองแสงที่ไวต่อการเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อม ไนล์เรดจึงเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการวิจัยและพัฒนาด้านต่างๆ