JC-1 ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาเซลล์เพื่อประเมินศักยภาพของเยื่อหุ้มไมโทคอนเดรีย (mitochondrial membrane potential) โดยเฉพาะในการศึกษาการทำงานของไมโทคอนเดรียและกระบวนการ apoptosis (การตายของเซลล์ตามธรรมชาติ) เมื่อเซลล์อยู่ในภาวะปกติ JC-1 จะรวมตัวกันในไมโทคอนเดรียและเปล่งแสงสีแดง แต่เมื่อศักยภาพของเยื่อหุ้มไมโทคอนเดรียลดลง JC-1 จะอยู่ในรูปแบบโมโนเมอร์และเปล่งแสงสีเขียว ดังนั้น การเปลี่ยนแปลงของสีที่สังเกตได้จึงช่วยให้นักวิจัยสามารถวิเคราะห์สุขภาพของเซลล์และความผิดปกติที่เกี่ยวข้องกับไมโทคอนเดรียได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ JC-1 ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาผลกระทบของยาหรือสารเคมีต่อการทำงานของไมโทคอนเดรียในเซลล์ ซึ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายาและการวิจัยโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็งและโรคทางระบบประสาท