เอทิเดียมโบรไมด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการมองเห็นกรดนิวคลีอิก มักนำไปใช้ในอิเล็กโทรโฟรีซิสเจลอะการ์โรสเพื่อย้อมสี DNA และ RNA ช่วยให้นักวิจัยสามารถสังเกตและวิเคราะห์ขนาดและปริมาณของชิ้นส่วนกรดนิวคลีอิกภายใต้แสงอัลตราไวโอเลต เนื่องจากความสามารถในการแทรกตัวเข้าไปใน DNA สองเส้น ทำให้มันเรืองแสงอย่างสว่างจ้า จึงเป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อการตรวจจับแถบ DNA อย่างไรก็ตาม การใช้งานต้องระมัดระวังเนื่องจากคุณสมบัติก่อการกลายพันธุ์ และมักถูกแทนที่ด้วยทางเลือกที่ปลอดภัยกว่าในห้องปฏิบัติการสมัยใหม่ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการศึกษาคุณสมบัติโครงสร้างและการทำงานของ DNA รวมถึงในขั้นตอนทดสอบที่ใช้การเรืองแสงเพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาของกรดนิวคลีอิก